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農業合作社的發票抵扣如何計算

依據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)規定：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅.增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額.該文件并未明確依據何種發票抵扣進項稅額.而《財政部、國家稅務總局關于免征部分鮮活肉蛋產品流通環節增值稅政策的通知》(財稅〔2012〕75號)第三條明確規定："《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條所列準予從銷項稅額中扣除的進項稅額的第(三)項所稱的'銷售發票'，是指小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票.批發、零售納稅人享受免稅政策后開具的普通發票不得作為計算抵扣進項稅額的憑證".此文件的出臺有點"下位法規范上位法"的味道，縮小了《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條界定的范圍.因此，屬于一般納稅人的生豬養殖專業合作社開具免稅的增值稅普通發票不能作為屠宰廠抵扣進項稅額的憑證。

結合前后文件規定容易讓人產生這樣的誤解：屠宰廠只能向生豬養殖專業合作社開具農產品收購發票，才能據以計算抵扣進項稅額.而該生豬養殖專業合作社是有能力自行開具發票的納稅人，這么做顯然不妥，卻又沒有否定的政策依據。

由于農產品收購發票由納稅人自開自抵，存在很大的弊端.為進一步規范農產品增值稅進項稅額扣除，堵塞征管漏洞，國家稅務總局先后在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法，取消農產品收購發票只是時間問題.如果全面推行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法，上述問題就迎刃而解了.但在目前，筆者還是建議上級機關盡快出臺政策，明確一般納稅人從農民專業合作社購進免稅農產品憑何種發票抵扣進項，減少征納雙方矛盾，降低基層執法風險，切實落實惠農政策，更好扶持農業發展。

農民專業合作社開具的增值稅發票稅率是多少

農產品稅率11%。

經銷農產品的一般納稅人按照11%稅率征收增值稅，小規模納稅人按照3%征收率征收增值稅.納稅人開具增值稅專用發票或者普通發票，只能按照其適用的11%稅率或3%征收率開具.納稅人經銷蔬菜免征增值稅，只能開具免稅的增值稅普通發票，不得開具增值稅專用發票。

農業生產者銷售自產農產品、農民專業合作社銷售其成員自產的農產品免征增值稅，只能開具免稅的增值稅普通發票，不得開具增值稅專用發票。

注意：納稅人銷售或者進口農產品(含糧食)、自來水、暖氣、石油液化氣、天然氣、食用植物油、冷氣、熱水、煤氣、居民用煤炭制品、食用鹽、農機、飼料、農藥、農膜、化肥、沼氣、二甲醚、圖書、報紙、雜志、音像制品、電子出版物的增值稅稅率為11%。

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