各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局：

　　《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運輸業(yè)稅收征收管理的通知》（國稅發(fā)〔2003〕121號）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)〔2004〕88號）下發(fā)后，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)反映，代征貨物運輸業(yè)新辦企業(yè)的企業(yè)所得稅由國稅局負(fù)責(zé)征收管理，地稅局負(fù)責(zé)代開貨物運輸發(fā)票，企業(yè)按照法律法規(guī)規(guī)定應(yīng)退的企業(yè)所得稅，是由國稅局辦理退稅，還是由地稅局辦理退稅政策規(guī)定不明確。經(jīng)研究，現(xiàn)通知如下：

　　一、由國家稅務(wù)局負(fù)責(zé)征收管理企業(yè)所得稅，但由地方稅務(wù)局負(fù)責(zé)代開貨物運輸發(fā)票并統(tǒng)一代征稅款的貨物運輸業(yè)代開票納稅人，其按照法律法規(guī)規(guī)定應(yīng)退的企業(yè)所得稅，退稅事項由主管國家稅務(wù)局辦理，可直接抵繳該納稅人次年應(yīng)納企業(yè)所得稅，也可在匯算清繳后辦理退稅，退稅額不超過納稅年度主管國家稅務(wù)局對其已征的企業(yè)所得稅稅額；超出部分，由代開貨物運輸發(fā)票的地方稅務(wù)局辦理退稅事項。

　　二、上述納稅人的退稅事項在每年匯算清繳時予以結(jié)算辦理。

　　三、根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈核定征收企業(yè)所得稅暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕38號）有關(guān)規(guī)定，對實行核定征收企業(yè)所得稅的納稅人，因代開貨物運輸發(fā)票而繳納的稅款，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)不予退稅。

　　四、主管地方稅務(wù)局將代征稅款征收入庫時，應(yīng)統(tǒng)一使用地稅系統(tǒng)征收票據(jù)，并由主管地方稅務(wù)局負(fù)責(zé)有關(guān)收入對賬、核算和匯總上報工作。

　　五、各地國家稅務(wù)局和地方稅務(wù)局要認(rèn)真落實和加強(qiáng)信息交換制度。主管地方稅務(wù)局應(yīng)將代征的企業(yè)所得稅入庫信息，及時傳送給主管國家稅務(wù)局；應(yīng)退企業(yè)所得稅超出主管國家稅務(wù)局已征部分由地方稅務(wù)局辦理退稅事項的，主管國家稅務(wù)局應(yīng)當(dāng)填制《退稅（抵稅）確認(rèn)書》，并將應(yīng)退信息及時傳送給主管地方稅務(wù)局。

　　六、具體操作辦法由各省級國家稅務(wù)局和地方稅務(wù)局共同制定。

　　七、以前年度尚未處理的此類退稅事項，按本通知規(guī)定執(zhí)行。