會計檔案的銷毀程序是：

　　首先，銷毀會計檔案要填制“會計檔案銷毀目錄”，將需要銷毀的會計檔案的“案卷標題、起止日期、目錄號、案卷號、原憑證號、卷內文件張數”逐項登記后，交檔案部門編入會計檔案銷毀清冊，按規定保存。
　　其次，要根據審批程序審批。機關、團體、事業單位銷毀會計檔案應報本單位領導批準；國有企業經本企業領導批準后銷毀。
　　再次，要按規定監銷。各單位在按規定銷毀會計檔案時，應由檔案部門和財務會計部門派人員監銷；各級主管部門銷毀會計檔案時，應有同級財政部門、審計部門派人監銷；各級財政部門銷毀會計檔案時，應由同級審計部門派人監銷。監銷人員要認真負責，在銷毀會計檔案以前要認真清點核對，銷毀時要防止泄密、丟失。
　　銷毀后，檔案部門、財務部門和各有關部門的監銷人員要在會計檔案銷毀目錄封面上簽字蓋章，歸檔保存，并將監銷情況書面報告本單位領導。